Связывание с библиотекой vulkan не означает, что SDL фактически использует функции vulkan.Вы можете связать что-нибудь с библиотекой, которую вы не используете, и это не вызовет никаких предупреждений или проблем.
Попробуйте скомпилировать
int main() { return 0; }
и добавьте все нужные флаги ссылок.
Ошибка говорит о том, что бинарные файлы SDL не скомпилированы с включенной поддержкой vulkan.Вам нужно будет скомпилировать SDL вручную.Vulkan, вероятно, будет macroe'd, если не установлен флаг компиляции.
Кстати, я пошел по правилам libsdl2 в пакетах Ubuntu (я думаю, у вас есть Ubunt 18.04>) и на самом деле Vulkan отключен
# the SDL module for Vulkan not compiling even in Linux at the moment
confflags += --disable-video-vulkan