Вот как работает git apply, в соответствии с документом и тем, что я вижу в своих репозиториях:
git apply path/to/patch применять патч только в рабочем дереве, поэтому вам нужно добавитьзатем зафиксируйте изменения git apply --index path/to/patch примените исправление к рабочему дереву и индексу, так что вам просто нужно зафиксировать изменения git apply --cached path/to/patch применить исправление только в индексе, так что вы простозафиксировать изменения
Это верно с первых версий git, поэтому то, что вы видите, очень странно.У вас случайно есть псевдоним, который может выглядеть как alias.apply -> 'apply --index'?