Пожалуйста, добавьте весь источник, который будет использоваться для вашего вопроса в будущем.
Вы можете исключить скрытые и / или системные папки, используя свойство Attributes в объектах DirectoryInfo и / или FileInfo.Для этого конкретного набора источников вы можете добавить приведенную ниже логику в метод EnumerateDirectory.
Attributes.HasFlag доступен в C # 4.0 и более поздних версиях.
public TreeNode EnumerateDirectory(TreeNode parentNode)
{
...
foreach (DirectoryInfo dir in rootDir.GetDirectories())
{
if (dir.Attributes.HasFlag(FileAttributes.Hidden)) continue;
...
}
...
}