Настройки eclipse.ini изменяют память, используемую самим Eclipse, они не изменяют настройки памяти программ, которые вы запускаете из Eclipse.Редко нужно менять этот файл.
Чтобы изменить настройки вашей программы, откройте диалоговое окно «Выполнить> Выполнить настройки».
Найдите конфигурацию вашей программы в разделе «Приложения Java».
На вкладке «Аргументы» укажите параметры -Xms и -Xmx в разделе «Аргументы VM».