Вы проверили все сценарии и таблицы стилей, которые вы используете для внешних ссылок? Может быть, есть фоновое изображение, на которое ссылается http: //?
Я заметил пару вещей в коде. Во-первых, скрипт geotrust.com - // использует ли в начале текущий протокол? Я никогда не видел этого раньше. Во-вторых, немного AJAX - опять же, убедитесь, что это вызывает https.
Попробуйте удалить один или два элемента за раз и посмотрите, исчезнет ли проблема. Еще одна вещь, которую вы можете сделать в скриптах, это проверка https («перефразировано» из кода Google Analytics):
var jsHost = ( (document.location.protocol == "https:") ? "https://" : "http://" );
document.write(unescape("%3Cscript src='" + jsHost + "YOURSITE.COM' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));