Вам не нужно указывать корневой каталог для клонирования. Вы можете сделать это так:
git svn clone svn://repository/subdirectory_of_app1 app1
git svn clone svn://repository/subdirectory_of_app2 app2
...
Если в каждой из папок приложения есть папки соединительных линий / веток / тегов, вы также можете добавить дополнительные аргументы:
git svn clone svn://repository/subdirectory_of_app1 -T trunk -t tags -b branches app1
...