Wave вообще связывается с сервером? Если это так, то проблема не в Wave, а в AppEngine, поэтому вам не нужно сильно беспокоиться о документации Wave, просто AppEngine .
Как вы упаковали файлы классов? Они просто "болтались" или вы упаковали их в файл jar?
Какую ошибку вы получаете, точно?
Вы пытались следовать учебнику Wave , чтобы создать приложение Parroty? Это сработало? Если это так, то это хорошая отправная точка для добавления ваших собственных классов.