цикл for выполняется только на последней итерации

Question

В прикрепленном коде цикл for for m in re.finditer(match, query): выполняется только на последнем наборе данных в моем файле данных.

Я использую Python 3.6.5.

У меня естьпомещенные операторы print до, внутри и после цикла for, а внутри также выполняется только для последнего набора данных.

# Example: Finding a Motif in DNA
# The indexing in this problem starts from 1!
import re

def process_data(dataFile, outFile):
    with open(dataFile) as data:
        line = data.readline()
        numTests = int(line)
        print ("Number of tests: ", numTests)

        while True:
            line = data.readline()
            if not line:
                break

            query = line
            print ("Query: ", query)
            line = data.readline()
            match = line
            print ("Match: ", match)

            print("Before for statement")
            for m in re.finditer(match, query):
                print("In for statement")
                print ("match start = ", m.start()+1)

            print("After for statement")

    data.close()
    return


if __name__ == "__main__":
    dataFile = "./test.txt"

test.txt выглядит следующим образом:

3
GACAACTTCCAACTTCCAACTTCCCGTCCCAACTTCACAACTTCGGCCCAACTTCCATGCAACTTCACCATCAACTTCGCTCGAAGCTGCCTTCCACTCCAACTTCACAACTTCCTCAACTTCCTCACCAACTTCAGCAACTTCTCTAGGGCCAACTTCCAACTTCTCAACTTCTCAACTTCCAACTTCCGACAACTTCTCCTGGCAACTTCCAACTTCCAACTTCAATACAACTTCGCAGACAACTTCCGCAACTTCGAACAACTTCCAACTTCCCCAACTTCCAACTTCCAACTTCGCCAACTTCCAACTTCCAACTTCCCAACTTCAGATAGCAACTTCGATCTTACACAACTTCACGCAACTTCTCCAACTTCCAACTTCTGTGCAACTTCTCTGAACAACTTCCTCAACTTCCAACTTCGCAACTTCCCCAACTTCCTCAACTTCATGCAACTTCGAGGCAACTTCCCAACTTCGCAACTTCCTATTCCCAACTTCTGTGGCAACTTCTCAACTTCTGGACAACTTCTATGCCCAACTTCACAACTTCCCCAACTTCTTTACAACTTCGACAACTTCATCAACTTCTAGTCAACTTCTGGTCCAACTTCCAACTTCCCCAACTTCCAAAGTGCCGCAACTTCGTAACAACTTCACGCGCTCAACTTCAACCAACTTCTTTTCCCGCAACTTCGCAACTTCACAACTTCTAATCAACTTCCAACTTCGGATCAACTTCCAACTTCGCCAACTTCCAACTTCCAACTTCTCCAGGGACAACTTCAAGTACAACTTCCAACTTCGCAACTTCACAACTTCCCAACTTCGCAACTTCTACACGCAACTTCCAACTTCTGGTCCCAACTTCATCAACTTCAGTCAACTTC
CAACTTCCA
GAAAGGATAAAGGATGTCAAAGGATGCAGATATAAAGGATAAAGGATACAAAGGATTAAGTATGTCCGAAAAAGGATAAAGGATTAAAAGGATCGCTGAACCTTACACAAAGGATAGTGAACAAAGGATTCAATAAAAGGATAAAGGATCAAAGGATCAAAAGGATACAAAGGATGCCGATGAAAGGATAAAGGATCTAAAGGATAAAGGATGAGAAAGGATTGGAAAGGATTATGAGATCAAAGGATAAAGGATGGTGTAAAAGCTAAAGGATTCGGCAAAGGATAAAGGATTAAAGGATAAAAAGGATAAAGGATGAAAGGATCCGCAGGGACCAGCAAAAGGATAAAGGATCGAATGGGTAAGAAAGGATCAAAGGATGAAAAAGGATTACTAAAGGATAAAGGATCCTGAAAGGATTACAAAGGATCTTAAAAGGATTCGGAAAGGATCCATAGGAAAAGGATAAAGGATCGCGAAAGGATAAAGGATTAAAGGATAAAGGATAAAAGGATTCAAAGGATAAAGGATAGACAAGGGAGAAAGGATGCAAAGGATGAAAGGATAAAGGATAAAGGATAAAGGATTAGGTTAAAGGATCGAAAGGATCCAAAGAGAGCGAAAAGGATGAGGACGAAAGGATCAAAGGATCCAAAGGATCAAAGGATAAAGGATTGCGATGGAAAGGATGTCAAAGGATCACCAAAGGATAAAGGATAATAAAGGATAAAGGATAAAGGATCAAAGGATTTGAAAAGGATAAAGGATCACGAAAGGATAAAAGGATTGGCAAAGGATGAAAAGGATGAAAGGATAAGCCCTCCAAAGGAT
AAAGGATAA
ATTCAAATACTTCAAATAGTCAAATATCAAATATGCTTCAAATATCAAATATCGGTCAAATAAGTCAAATAAGTCAAATATCAAATATCAAATACTCAAATATCAAATAGTGTCAAATACGAATTGGGTCAAATATCAAATATGTGTTCAAATATTCTTCAAATACTGGACACTCAAATAGGAGTCAAATATCAAATATCAAATACGTGAAGTGCTTGTCAAATATTTCAAATACTTTCAAATATTCAAATACTCAAATATGTTCAAATATCAAATATCAAATATTTCAAATATCAAATATCAAATAGTCCTCAAATAGCAAACCAGTCAAATATCAAATATGTCAAATATGCTCACGGCAACCTCAAATATCAAATATCAAATAGATGTCAAATAAGTTTCAAATATCAAATATCAAATATCAAATATCAAATATTCAAATATCAAATAGCGGGCTCAAATAAGCTCAAATACGTCAAATAGGGGGTCAAATAGATCAAATAGTCAAATATTCAAATACATCAAATAGTCAAATACAAGAACCACCGAGATCTCAAATAATCAAATATCAAATATGGTCAAATAAATATTCAAATAGGTCAAATAAGATCAAATATCAAATAAGTCGTCCATCAAATAGTCAAATAGCTCAAATAACCTCAAATATCAAATATTCAAATACCGGTCATCAAATAGGACAAATCAAATAGTCAAATAAGATCCTCTCAAATAATTCAAATAGCTGTTCAAATACTCAAATATCAAATAGTCAAATATCAAATATTCAAATATCAAATACTTCAAATATGTTCAAATAATCAAATACTCAAATATCAAATAATCAAATAATACTTCAAATATACCAAACGCTCAAATATTAGTTGGATCAAATATCTTCAAATATCAAATAA
TCAAATATC

В результатевыходные данные:

Number of tests:  2
Query:  GACAACTTCCAACTTCCAACTTCCCGTCCCAACTTCACAACTTCGGCCCAACTTCCATGCAACTTCACCATCAACTTCGCTCGAAGCTGCCTTCCACTCCAACTTCACAACTTCCTCAACTTCCTCACCAACTTCAGCAACTTCTCTAGGGCCAACTTCCAACTTCTCAACTTCTCAACTTCCAACTTCCGACAACTTCTCCTGGCAACTTCCAACTTCCAACTTCAATACAACTTCGCAGACAACTTCCGCAACTTCGAACAACTTCCAACTTCCCCAACTTCCAACTTCCAACTTCGCCAACTTCCAACTTCCAACTTCCCAACTTCAGATAGCAACTTCGATCTTACACAACTTCACGCAACTTCTCCAACTTCCAACTTCTGTGCAACTTCTCTGAACAACTTCCTCAACTTCCAACTTCGCAACTTCCCCAACTTCCTCAACTTCATGCAACTTCGAGGCAACTTCCCAACTTCGCAACTTCCTATTCCCAACTTCTGTGGCAACTTCTCAACTTCTGGACAACTTCTATGCCCAACTTCACAACTTCCCCAACTTCTTTACAACTTCGACAACTTCATCAACTTCTAGTCAACTTCTGGTCCAACTTCCAACTTCCCCAACTTCCAAAGTGCCGCAACTTCGTAACAACTTCACGCGCTCAACTTCAACCAACTTCTTTTCCCGCAACTTCGCAACTTCACAACTTCTAATCAACTTCCAACTTCGGATCAACTTCCAACTTCGCCAACTTCCAACTTCCAACTTCTCCAGGGACAACTTCAAGTACAACTTCCAACTTCGCAACTTCACAACTTCCCAACTTCGCAACTTCTACACGCAACTTCCAACTTCTGGTCCCAACTTCATCAACTTCAGTCAACTTC

Match:  CAACTTCCA

Before for statement
After for statement
Query:  GAAAGGATAAAGGATGTCAAAGGATGCAGATATAAAGGATAAAGGATACAAAGGATTAAGTATGTCCGAAAAAGGATAAAGGATTAAAAGGATCGCTGAACCTTACACAAAGGATAGTGAACAAAGGATTCAATAAAAGGATAAAGGATCAAAGGATCAAAAGGATACAAAGGATGCCGATGAAAGGATAAAGGATCTAAAGGATAAAGGATGAGAAAGGATTGGAAAGGATTATGAGATCAAAGGATAAAGGATGGTGTAAAAGCTAAAGGATTCGGCAAAGGATAAAGGATTAAAGGATAAAAAGGATAAAGGATGAAAGGATCCGCAGGGACCAGCAAAAGGATAAAGGATCGAATGGGTAAGAAAGGATCAAAGGATGAAAAAGGATTACTAAAGGATAAAGGATCCTGAAAGGATTACAAAGGATCTTAAAAGGATTCGGAAAGGATCCATAGGAAAAGGATAAAGGATCGCGAAAGGATAAAGGATTAAAGGATAAAGGATAAAAGGATTCAAAGGATAAAGGATAGACAAGGGAGAAAGGATGCAAAGGATGAAAGGATAAAGGATAAAGGATAAAGGATTAGGTTAAAGGATCGAAAGGATCCAAAGAGAGCGAAAAGGATGAGGACGAAAGGATCAAAGGATCCAAAGGATCAAAGGATAAAGGATTGCGATGGAAAGGATGTCAAAGGATCACCAAAGGATAAAGGATAATAAAGGATAAAGGATAAAGGATCAAAGGATTTGAAAAGGATAAAGGATCACGAAAGGATAAAAGGATTGGCAAAGGATGAAAAGGATGAAAGGATAAGCCCTCCAAAGGAT

Match:  AAAGGATAA
Before for statement
In for statement
match start =  2
In for statement
match start =  34
In for statement
match start =  71
In for statement
match start =  136
In for statement
match start =  183
In for statement
match start =  199
In for statement
match start =  242
In for statement
match start =  280
In for statement
match start =  295
In for statement
match start =  304
In for statement
match start =  341
In for statement
match start =  396
In for statement
match start =  461
In for statement
match start =  479
In for statement
match start =  494
In for statement
match start =  518
In for statement
match start =  560
In for statement
match start =  574
In for statement
match start =  662
In for statement
match start =  705
In for statement
match start =  722
In for statement
match start =  755
In for statement
match start =  773
In for statement
match start =  809
After for statement

Первые два набора соответствия и запроса не были выведены.Там нет сообщений об ошибках.

Answer 1

цикл for "для m в re.finditer (match, query):", выполняется только для последнего набора данных в моем файле данных.

В других строках, он выполняется - для нулевых итераций, потому что re.finditer(match, query) находит ноль совпадений.Причина в том, что и в match, и в query есть символ новой строки в конце, за исключением последнего раза (так как в конце файла, по-видимому, нет символа новой строки и, следовательно, нет символа новой строки в конце match).Это происходит потому, что метод .readline() файла включает символ новой строки в конце строки для чтения.

Вы можете удалить их, например, query = query.strip().