В каталоге Exchange ServerV15 \ bin Exchange (2016) уже будет версия Управляемого API EWS, поэтому версия, которую вы устанавливаете, существенно снижает версию на сервере, что и является причиной проблемы.
Вы должны просто иметь возможность использовать версию в каталоге bin или просто не использовать установщик и загружать сборку из того места, куда вы скопировали ее.