Вы просто создаете соответствующий ColorMatrix, инициализируете с ним объект ImageAttributes и передаете этот объект ImageAttributes одной из перегруженных версий Graphics.DrawImage. Этот образец даст вам 50% прозрачности:
float[][] matrixAlpha =
{
new float[] {1, 0, 0, 0, 0},
new float[] {0, 1, 0, 0, 0},
new float[] {0, 0, 1, 0, 0},
new float[] {0, 0, 0, 0.5f, 0},
new float[] {0, 0, 0, 0, 1}
};
ColorMatrix colorMatrix = new ColorMatrix( matrixAlpha );
ImageAttributes iaAlphaBlend = new ImageAttributes();
iaAlphaBlend.SetColorMatrix(
colorMatrix,
ColorMatrixFlag.Default,
ColorAdjustType.Bitmap );