Попробуйте, просто бросьте его в цикле foreach на каждый файл на рабочем столе с расширением .cer , если вы хотите изменить папку, измените первую строку в цикле foreach C:\Users\Administrator\Desktop\
foreach ( $file in ( Get-ChildItem C:\Users\Administrator\Desktop\ -filter *.cer )) {
$script = {
$file.fullname | Import-Certificate -CertStoreLocation cert:\LocalUser\Root
echo $file
}
invoke-command -Credential $clientCred -ComputerName $ClientIP -ScriptBlock $script
}