Использовать aspnet_regiis. В командной строке перейдите к (обычно):
cd C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727
и введите:
aspnet_regiis -pef "sectionName of web.config" "path" - to encrypt
aspnet_regiis -pdf "sectionName of web.config" "path" - to decrypt
Например:
aspnet_regiis -pef "connectionStrings" "D:\projects\HelloWorldProject"
Вам не нужно ничего делать, чтобы L2SQL читал зашифрованный файл строки подключения.