Насколько я могу судить, версия Unicode не сохраняется. Поиск символов осуществляется путем хранения информации о символах во встроенном ресурсе charinfo.nlp в mscorlib.dll, и он используется как таблица поиска внутри. В заголовке этих данных таблицы поиска есть свойство «version», но в двоичных данных оно равно «0» (смещение 0x20), поэтому я не уверен, какая это версия или просто не реализована.