Вас это устраивает?
from geopy.distance import distance
latH = [25.5, 29.0, 27.2, 26.0, 30.1, 25.7, 26.3, 35.5]
lonH = [-84.3, -85.0, -85.6, -90.3, -89.0, -89.7, -90.5, -86.2]
rain = [([29816.0, 24387, 33155.0, 32062.0, 31251.0], 26.1915, -80.4492), ([30954.0, 31251.0, 32366.0, 32062.0], 26.1297, -81.7625)]
rain2 = []
# Since all your arrays are the same length...
for lat, lon in zip(latH, lonH):
arr = []
for data, lat_2, lon_2 in rain:
if distance((lat, lon), (lat_2, lon_2)).km < 500:
arr.append(data)
rain2.append(arr)
print(rain2)
[[[29816.0, 24387, 33155.0, 32062.0, 31251.0], [30954.0, 31251.0, 32366.0, 32062.0]], [[30954.0, 31251.0, 32366.0, 32062.0]], [[30954.0, 31251.0, 32366.0, 32062.0]], [], [], [], [], []]
Я написал код, похожий по поведению на ваш, без всех синтаксических проблем и с более ясными намерениями для меня.Но так как мы не можем запустить ваш код, а вы не предоставляете желаемый результат ... Я не могу быть уверен.