То, что происходит, - то, что обязательным условием .NET Framework является обнаружение того, что вы находитесь на компьютере x64. Будет установлена версия платформы .NET для архитектуры x86 и x64. Вы все еще можете разрабатывать приложения для x86 без проблем на компьютере с архитектурой x64. Вы также можете без проблем запускать приложения x86 на компьютере x64.
Кроме того, не существует 64-разрядной версии Visual Studio 2005.