pid func не работает с pairwiseAlignment R

Question

Я написал этот код:

library(Biostrings)

setwd("C:/Users/User/Documents/SaturdayProject/mDNK/monkeys")

data <- list.files()

tab <- matrix(0, 33, 33, TRUE, NULL)

i <- 1
j <- 1

for (file in data){
  d1 <- paste( unlist(read.delim(file)), collapse='')
  for (file1 in data){
    d2 <- paste( unlist(read.delim(file1)), collapse='')
    ack1 <- pid(pairwiseAlignment(d1,d2, scoreOnly = TRUE), type = "PID1")
    ack2 <- pid(pairwiseAlignment(d2,d1, scoreOnly = TRUE), type = "PID1")
    ###print(mean(ack1,ack2))
    tab[i,j] <- mean(ack1, ack2)
    j <- j + 1
    print(tab)
  }
  j <- 1
  i <- i + 1
}

print("end")

Однако я получил это:

Ошибка в (функция (классы, fdef, mtable): невозможно найти унаследованный метод дляфункция 'pid' для подписи '' numeric ''

без pid работает хорошо.