При правильном проектировании бизнес-логика не должна реализовываться непосредственно как служба WCF - она должна абстрагироваться в отдельную сборку по причинам, аналогичным вашей, и оболочка WCF должна вместо этого просто ссылаться на нее. Я предполагаю, что вы не имели права голоса в этом неортогональном дизайне.
Если у вас есть доступ к сборкам WCF, вы можете распространять их с помощью автономного приложения и ссылаться на них, а затем вызывать эти операции WCF, не активируя его как службу. Это было бы довольно некрасиво, но это работало бы, предполагая, что ни одна из бизнес-логики не зависит от каких-либо активированных WCF функций.
edit re comments: Вы можете иметь несколько сервисных хостов и конечных точек и сохранять один и тот же контракт («интерфейс») в WCF. Возможно, вы захотите добавить некоторый сам хостинг , который предоставляет конечную точку именованный канал , и получить доступ к таким операциям в вашем приложении.