Если вы используете -t commonmark
промежутки, которые генерирует docx-reader, преобразуются в необработанный HTML, так что вы можете использовать:
pandoc -t commonmarkd-raw_html
В качестве альтернативы, используйте markdown-writer, который более гибок вусловия продления (но по состоянию на 2018 год еще не на 100% совместимы с марками):
pandoc -t markdown-bracketed_spans-raw_html-native_spans
Подробнее см. РУКОВОДСТВО .