Вероятно, у вас есть решение VS, которое вы используете для сборки вещей вручную на машинах разработки. Как правило, плохая идея иметь два отдельных проекта для одного и того же бинарного файла - он будет совершенно не синхронизирован, даже если вам удастся привести его в синхронизацию.
Я предлагаю вам использовать файл решения и сделать так, чтобы Visual Studio создала его с задачей exec, если вы должны использовать nant:
<exec program="${environment::get-variable('VS80COMNTOOLS')}../IDE/devenv.com">
<arg value="${solution_path}"/>
<arg value="/build"/>
<arg value="Debug|Win32"/>
</exec>
Тесты должны выполняться либо как часть событий после сборки тестового проекта (опять-таки самой VS), либо вы можете запустить их в nant после завершения VS.
Двоичные файлы, созданные таким образом, будут точно совместимы с запуском Visual Studio вручную (при условии, что вы откроете один и тот же файл решения в том же дереве исходных текстов и выберите ту же конфигурацию и платформу).