Как сказал VonC, изначально делать то, что вы просите, не поддерживается.
Я думаю, что лучший способ сделать это - иметь разные ветви.
Например, выбудет иметь вашу ветвь master
, ветвь github
и ветвь heroku
.
Все, что является синонимом между двумя ветвями, будет находиться в master
, а все, что относится к github
или heroku
будет в соответствующих ветвях.