Если вы действительно хотите запустить его в пакетном файле, см. Ниже, также как и для вашего оператора if, заключите в "", чтобы убедиться, что вы не перехватываете нежелательные пробелы:
@echo off
if "%input%"=="start" set "ram=1024" & goto java
Goto :eof
:java
start "" java -Xmx%ram%M"