Python, который вы устанавливаете с помощью anaconda, вообще не мешает вашей системе Python.Вы можете использовать Anaconda, чтобы иметь несколько Python (в нескольких средах conda) помимо системного Python.Вам просто нужно убедиться, какой из них вызывается при запуске сценариев, и убедиться, что это тот, который вы намеревались.
Чтобы ответить на «буквальный» вопрос, который вы задали, вы можете указать версию Python при установке чего-либо:
conda install -c anaconda flask python=2
Это сохранит ваш Python в версии 2 или сообщит о несоответствии, если пакет, который вы хотите установить, недоступен в Anaconda для Python 2. Количество пакетов, отказывающихся от поддержки Python 2, увеличивается, поскольку Python 2он близок к концу своей жизни, поэтому не ожидайте получить последние или даже самые последние выпуски пакетов при хранении на Python 2.
Лично я бы порекомендовал создать другую среду вместо того, чтобы пытаться установить многое в базовую среду:
conda create -n mypython2environment python=2 flask
И активируя эту среду вы сможете использовать пакеты, установленные в этой среде:
activate mypython2environment
Некоторые IDE имеют встроенную поддержку сред conda, поэтому они могут быть полезны (особеннои убедитесь, что вы используете правильную среду и, следовательно, правильный Python).