Я могу заставить работать, используя метод ниже.
Найти индекс действительной строки
callback_url_index=$(echo $json_output | jq -r '.UserPoolClient.CallbackURLs | index("https://test-jdtest.cmxdev.com?oauth=callback")');
Удалить элемент на основе найденного индекса
if [ "$callback_url_index" != null ] ; then
callbackURLs=$(echo $json_output | jq -r --arg callback_url_index "$callback_url_index" '.UserPoolClient.CallbackURLs | del(.['$callback_url_index'])')
Спасибо!