Вы можете просто добавить EventHandler в onAction для обеих кнопок.
btndashBoardPane.setOnAction(new EventHandler<ActionEvent>() {
@Override
void handle(ActionEvent actionEvent) {
dashBoardPane.setVisible(true);
projectsPane.setVisible(false);
}
});
И аналогично то же самое, что и для btnProjectsPane.
Другой подход, но, вероятно, менее отточенный, будетчтобы иметь родительскую Anchorpane, к чьим дочерним элементам вы добавляете панель, которую хотите выбрать в первую очередь.Затем кнопки очистят дочерние элементы и добавят их соответствующие панели в родительскую Anchorpane.