В то время как вы можете создавать и запускать компоненты peer и orderer без Docker, цепной код (то, что Fabric называет умным контрактом) требует его использования.
Что касается настройки сети с несколькими узлами, в которой не используются Docker Swarm или Kubernetes, вы можете попробовать Hyperledger Cello , который, как мне кажется, имеет возможность развертывания на виртуальных машинах.