Вы можете разбить ваш проект на несколько файлов YAML, объединяя независимые от ОС вещи в один и зависимые - в другие.Ваши файлы будут выглядеть так:
docker-compose.yml -- common stuff lives here
docker-compose-x64.yml -- lots of OS-dependent services for x64
docker-compose-arm.yml -- lots of OS-dependent services for arm
Тогда вам просто нужно запустить это следующим образом:
# for x64
docker-compose -f docker-compose.yml -f docker-compose-x64.yml up ...
# for arm
docker-compose -f docker-compose.yml -f docker-compose-arm.yml up ...