Вы можете использовать
X <- matrix(vector("list", 200))
, что просто
X <- matrix(list()[rep(1, 200)], nrow = 200, ncol = 1)
с
for (i in 1:200)
X[i, ] <- list(matrix(rep(0,32), nrow = 8, ncol = 4))
или
for (i in 1:200)
X[i, ][[1]] <- matrix(rep(0,32), nrow = 8, ncol = 4)
Тогда каждая матрицазапись будет списком, содержащим матрицу.