Это происходит потому, что ваша панель навигации полупрозрачная и показывает часть вашего контроллера под панелью навигации.В вашем верхнем контроллере есть карта, и когда вы перемещаетесь назад, он анимирует ее под панелью навигации, которая является причиной мерцания.
Чтобы изменить полупрозрачный эффект навигационной панели только в одном контроллере, вам нужно добавитьэто вам метод viewDidLoad:
navigationController?.navigationBar.isTranslucent = false
или, если вы хотите изменить его глобально, добавьте к нему метод didFinishLaunchingWithOptions в делегате приложения:
UINavigationBar.appearance().isTranslucent = false