Э-э ... ты в мире боли. Во-первых, конечно, ваш сервер мог бы сделать звонок по скайпу, но как бы вы справились с возвратом в браузер вашего пользователя? Тонны пользовательского программирования с богатой клиентской средой, вот как.
Лучше позволить пользователю просто использовать скайп самостоятельно. Посмотрите в заголовок callto://
URI для деталей.