Я не уверен в вашей точной среде сборки, но после этого комментария к neovim кажется, что macOS 10.14 больше не устанавливает все заголовки в ожидаемых местах.
После установки пакета, упомянутого в комментарии выше, все снова заработало!
Редактировать: фактический способ установки заголовков (как указано в вышеупомянутом комментарии):
open /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg
Этоне запускается автоматически во время или после обновления.