Везде, где скрипт вызывается в xcode, этот вызов должен быть изменен, чтобы включить нужную переменную среды, но вы не хотите изменять проект.Я бы предложил поместить символические ссылки на внешние зависимости где-то в $ PATH по умолчанию, где ваши сценарии ожидают их.