Для систематического и методического запутывания кода, вы не можете победить Perl. Если вам нужно что-то, что компилируется в двоичный файл, всегда есть APL.
Если вы ориентируетесь на платформу .NET, поместите исходный код пасхального яйца в файл ресурсов в виде строки binhex. Затем вы можете получить одну из ваших подпрограмм инициализации, извлечь ее, декодировать и скомпилировать в память. Вы можете вызвать его, используя отражение.
Если вам нужна помощь с техническими аспектами компиляции в память и вызова результирующей сборки, я могу предоставить вам библиотеку, которую я написал, и пример программы, которая ее использует.
Вы можете использовать эту технологию для загрузки плагинов, что вполне допустимо и разумно в инициализаторе.