Я работаю над аналогичной проблемой и в равной степени удивлен кажущейся нехваткой ресурсов по этому поводу.
В любом случае, я думаю, что вы сможете продвинуться дальше, если добавите один выходимя файла после -master_pl_name "MyNewVideo_index.m3u8" output_%v.m3u8
.Затем я бы порекомендовал удалить отдельные имена для потоков качества, в противном случае FFmpeg создаст их дважды.
Возможно, у вас возникнут другие проблемы, как и у меня, но это должно решить вашу первую проблему.