Целое число не будет содержать запятую.Только для того, чтобы сделать число читаемым, вы добавляете к нему запятые.
Если вы хотели разобрать строку в целое число, вы должны сделать следующее:
num = int(a.replace(',', ''))
Впоследствии, еслиЕсли вы хотите снова представить это целое число запятой, вам нужно просто:
print "{:,}".format(num)
Для выполнения обратного и четвертого преобразования: Формат и заменить может помочь