Вам необходимо указать полный путь к бинарному файлу, который вы хотите использовать.Причина, по которой pdftk будет работать из командной строки, заключается в том, что он находится в переменной $ PATH вашего окружения (по крайней мере, если bash, что-то подобное для других оболочек).
Код возврата 127 - команда не найдена, поэтому вместо
'pdftk %s fill_form %s output %s %s'
do
'/snap/bin/pdftk %s fill_form %s output %s %s'