Вы можете использовать fadeIn:
http://docs.jquery.com/Effects/fadeIn#speedcallback
Если вы все еще хотите использовать свой фрагмент для добавления этого класса (что также можно сделать в jQuery, кстати), просто поместите перед ним код jQuery fadein. Это вызовет эффект fadeIn, а затем просто добавьте (возможно, избыточный) класс «on».
В ответ на комментарий:
Это код, который я бы попробовал сначала
hover.addEventListener('mouseover',function () {
cpanel.fadeIn("slow"); // this is if cpanel is a jQuery object. If it is an element, do $(cpanel).fadeIn("slow");
Core.addClass(cpanel,"on");
}, false);
Если это все еще не работает, вы можете дать мне знать, что происходит, если что-нибудь? Спасибо.