PyMesh имеет возможность разбивать и сворачивать края, которые можно использовать для удаления сетки, как видно на их веб-сайте (с примером кода, найденным здесь , в частности *Функция 1005 *).
Здесь - это сообщение о переполнении стека, которое объясняет, как выполнять очистку с использованием библиотеки VTK.