Вы можете скачать PDF так же, как и любой другой файл, используя NSURLConnection или NSData + dataWithContentsOfURL: метод. Этот файл будет храниться в изолированном каталоге документов вашего приложения. Другие приложения в файловой системе не будут иметь к ней доступа.
Что касается просмотра PDF без использования UIWebView, это можно сделать с помощью CGPDFDocument, как описано в ответах на на этот вопрос .