Количество используемых вами индексов - это число измерений.
Я думаю, вы исходите из того, что каждый подэлемент списка равен 1 точке, а на самом деле синтаксис:
V2 = [[a1,a2,a3],[b1,b2,b3]]
lookup[V2]
эквивалентно доступу:
[V2[a1,b1],
V2[a2,b2],
V2[a3,b3]]
при использовании третьего измерения выдает ошибку, поскольку у вас есть массив только с двумя измерениями