Метод Arrays.fill()
можно использовать для заполнения 1-го массива, но нет встроенного метода для "глубокого" заполнения многомерных массивов.
Для двумерных массивов я делаю что-то вроде этого:
int[][] arr2 = new int[5][5];
for(int[] arr1 : arr2)
Arrays.fill(arr1, 1);