Файлы, публикуемые в IIS, не должны быть исходным кодом, который необходимо перекомпилировать.
Вы можете искать «автоматический процесс сборки», «непрерывную интеграцию» или MSBuild, если вы хотите настроить систему, которая перекомпилирует и затем публикует ваш сайт для вас всякий раз, когда вы изменяете исходный код.