Кажется, что это довольно просто, когда копаешь код, выполняемый dojo !!!
В объекте, передаваемом в конструктор dojo.dnd.Target, необходимо установить для атрибута skipForm значение true.
так, это выглядит примерно так:
var dndTarget = new dojo.dnd.Target(searchBox, {
isSource: false,
copyOnly: true,
selfCopy: false,
selfAccept: false,
skipForm: true // <-- THIS IS THE FIX
});
Кажется, что это говорит dojo не подключаться к элементам ввода и, таким образом, работает так, как ожидается в IE.