Ниже приведен выходной файл .csv, по какой-то причине он помещает абсолютный путь к файлу в sampleID, и я не могу понять, как его предотвратить.Это вызывает проблемы с инструментами Qiime, которые требуют, чтобы манифесты были в установленном формате
PathF <- data.frame(lapply(TabF, function(TabF) {gsub("Data/", "$PWD/N/", TabF)}))
PathF <- data.frame(lapply(PathF, function(PathF) {gsub("fastq.gz", "fastq.gip", PathF)}))
names(PathF)[names(PathF)=="SamplesF"] <- "absolute-filepath"
Вывод;
sample-id,absolute.filepath,direction
/home/qiime2/practice/pass1/pass/barcode01/sample-fastq_runid_758a57a4d58506c25a96d181c15be5708be477a0_0.fastq,/home/qiime2/practice/pass1/pass/barcode01/$/Data/fastq_runid_758a57a4d58506c25a96d181c15be5708be477a0_0.fastq_R1.fastq.gz,forward
Что я хочу, чтобы он вывел
sample-id,absolute.filepath,direction
sample-fastq_runid_758a57a4d58506c25a96d181c15be5708be477a0_0.fastq,PWD$/home/qiime2/practice/pass1/pass/barcode01/Data/fastq_runid_758a57a4d58506c25a96d181c15be5708be477a0_0.fastq_R1.fastq.gz,forward
IE;Sample-SampleID, $ PWD Абсолютный путь к файлу, Вперед