Для каждого значения столбца разделите это значение на количество строк, имеющих одинаковую последовательность в другом столбце (считая чтения с несколькими отображениями с R) - PullRequest
Новая
       5

Для каждого значения столбца разделите это значение на количество строк, имеющих одинаковую последовательность в другом столбце (считая чтения с несколькими отображениями с R)

0 голосов
/ 30 ноября 2018

Это часть моего набора данных: 

    structure(list(V1 = c("t00000406", "t00000517", "t00000519", 
"t00000589", "t00000589", "t00000598", "t00000804", "t00000938", 
"t00001008", "t00001156", "t00001156", "t00001156", "t00001165", 
"t00001165", "t00001165", "t00001265", "t00001265", "t00001265", 
"t00001511", "t00001562", "t00001562", "t00001599", "t00001703", 
"t00001703", "t00001703", "t00001710", "t00001710", "t00001710", 
"t00001710"), V2 = c(617L, 445L, 439L, 357L, 357L, 352L, 234L, 
192L, 177L, 151L, 151L, 151L, 149L, 149L, 149L, 138L, 138L, 138L, 
114L, 111L, 111L, 108L, 101L, 101L, 101L, 101L, 101L, 101L, 101L
), V4 = c("piR-hsa-3546", "piR-hsa-3454", "piR-hsa-3546", "piR-hsa-6909", 
"piR-hsa-6908", "piR-hsa-3454", "piR-hsa-3454", "piR-hsa-3454", 
"piR-hsa-3454", "piR-hsa-31261", "piR-hsa-14100", "piR-hsa-14099", 
"piR-hsa-28592", "piR-hsa-6592", "piR-hsa-6591", "piR-hsa-14099", 
"piR-hsa-31261", "piR-hsa-14100", "piR-hsa-6909", "piR-hsa-16270", 
"piR-hsa-16271", "piR-hsa-620", "piR-hsa-31261", "piR-hsa-14100", 
"piR-hsa-14099", "piR-hsa-14098", "piR-hsa-14100", "piR-hsa-14099", 
"piR-hsa-31261"), V6 = c("CTGTTAACCGAAAGGTTGGTGGT", "CACGTGTTAGGACCCGAAAGA", 
"CGGCTGTTAACCGAAAGGTTGGTGGT", "GTTTCCGTAGTGTAGTGGTCATC", "GTTTCCGTAGTGTAGTGGTCATC", 
"ACGTGTTAGGACCCGAAAGA", "CGTGTTAGGACCCGAAAGA", "TGTTAGGACCCGAAAGA", 
"CGCACGTGTTAGGACCCGAAAGA", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGC", 
"TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGC", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGC", 
"GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG", "GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG", "GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG", 
"TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATT", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATT", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATT", 
"GTTTCCGTAGTGTAGTGGTCATCACGTTCGCC", "CTGAGGGTCCAGGGT", "CTGAGGGTCCAGGGT", 
"CGTAGTTCCGACCATAAACGATGCC", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTC", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTC", 
"TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTC", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGAT", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGAT", 
"TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGAT", "TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGAT")), row.names = c(NA, 
-29L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

Я хочу "мутировать" каждое значение столбца V2 делить на значение, вычисленное по числу раз, когда одна и та же "последовательность" существует в данных,->

Последовательность GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG существует 3 раза 

    nrow(filter(my_data,V6=="GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG"))
[1] 3

Результат: 

filter(pir_onehun,V6=="GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG") %>% mutate(V2=V2/nrow(filter(pir_onehun,V6=="GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG")) )
# A tibble: 3 x 4
  V1           V2 V4            V6                     
  <chr>     <dbl> <chr>         <chr>                  
1 t00001165  49.7 piR-hsa-28592 GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG
2 t00001165  49.7 piR-hsa-6592  GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG
3 t00001165  49.7 piR-hsa-6591  GTAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAG

Я думал добавить результаты в новый фрейм данных с bind_rows, но это должен быть другойболее "аккуратный" способ сделать это.

Спасибо, что уделили время

1 Ответ

0 голосов
/ 30 ноября 2018 
df %>% group_by(V6) %>% mutate(V2 = V2 / n())

делает работу.Сначала мы группируем по последовательности, а затем делим на размер этой группы, n().

...