Первая ссылка - это jQuery, предоставляемый с CDN Google ... это то, что вам нужно использовать, и что дает вам большую вероятность того, что файл уже присутствует в системе пользователя. Это то, что все используют.
Вторая ссылка - скачать файл из репозитория проекта jQuery. Этот файл может (и будет) удаляться всякий раз, когда владельцы проекта выпускают новую версию. Так что вы не захотите использовать его на производстве: D