Примерно так должно работать:
mainLst.Where(c => domains.Split(',').Contains(c.domain) &&
orgs.Split(',').Contains(c.org)).ToList();
Это разделит домены и организации на ',' получив 2 списка, которые вы можете использовать в фильтрах.
Запрос LINQ затем проверяет, для каждого элемента в mainLst, что домен и org содержится в этих списках, применяя оба фильтра по мере необходимости.