Основным отличием является владение.
Хранилище Microsoft принадлежит Microsoft, и они отвечают за упаковку F # с Visual Studio (отсюда и "Visual F #").
FSharpРепозиторий принадлежит F # Software Foundation и отвечает за упаковку F # для использования в Linux, Android, iOS и т. д.
Компилятор и инструменты в значительной степени отражаются между двумя репозиториями, но они не обязательно точното же самое в любой момент времени - подробности см. в F # Core Engineering Group.Новые материалы поступают в репозиторий Microsoft, из которого они позже реплицируются в репозиторий F # SF (поэтому нет расхождений между платформами - только небольшое отставание для кроссплатформенного материала).
Если вы хотитебольше информации о том, как работает разработка F #, https://fsharp.github.io/2014/06/18/fsharp-contributions.html - хорошее место для начала.
Чтобы ответить более прямо: используйте репозиторий Microsoft.Вам нужно только позаботиться о репозитории F # SF, если вы хотите взглянуть на особенности кроссплатформенных реализаций.