Я бы также порекомендовал JSVC, но, похоже, требуется, чтобы в главном классе ваших приложений был метод "init" (например, тип, который есть у Tomcat).
Java VM created successfully
Class org/apache/commons/daemon/support/DaemonLoader found
Native methods registered
java_init done
Daemon loading...
java.lang.NoSuchMethodException: com.server.Site.init([Ljava.lang.String;)
at java.lang.Class.getMethod(Class.java:1605)
at org.apache.commons.daemon.support.DaemonLoader.load(DaemonLoader.java:158)
Cannot load daemon
java_load failed
Service exit with a return value of 3