Я бы не стал создавать дискретные переменные;это грязно и нет никакой пользы.Лучший способ - создать список и добавлять к нему значение продолжительности на каждой итерации.Итак, ваш код становится:
durations = []
i=1
while i <= ......:
start_time = time.time()
return_code = subprocess.call(""runtheprogramm"")
print("--- %s seconds ---" % (time.time() - start_time))
duration = ("--- %s seconds ---" % (time.time() - start_time))
durations.append(duration)
i += 1
print(durations)
Единственное предостережение состоит в том, что, как показано, индексы записей в списке длительностей будут работать от 0 ... n-1, тогда как i - от 1 до n,Вы можете инициализировать длительности фиктивным значением для индекса ноль.