Как изменить часть 4 функции G.Shell.GGIR в R, если у меня нет журнала сна - PullRequest
Новая
       6

Как изменить часть 4 функции G.Shell.GGIR в R, если у меня нет журнала сна

0 голосов
/ 28 сентября 2018

Я пытаюсь проанализировать данные о физической активности, собранные из генеактивного акселерометра, используя функцию оболочки GGIR в R (код скопирован из).Раздел 4 части кода требует сравнения данных о сне, сгенерированных акселерометром, и журнала с самоотчетами.Аргумент "loglocation" требует от вас ввести имя файла CSV для ручного журнала сна.Однако мое исследование не включает самоотчеты о сне, так как я в основном заинтересован в уровнях физической активности, а не в анализе сна.Как изменить код, чтобы исключить его, включая журнал сна, и заставить мой код успешно работать и создавать необходимые визуальные данные?Ниже приведен код R для анализа физической активности.

library(GGIR)
g.shell.GGIR(#=======================================
             # INPUT NEEDED:
             mode=c(1,2,3,4,5),
             datadir="C:/hadiza/mydata",
             outputdir="D:/myresults",
             f0=1, f1=2,
             #-------------------------------
             # Part 1:
             #-------------------------------
             # Key functions: reading file, auto-calibration, and extracting features
             do.enmo = TRUE,             do.anglez=TRUE,
             chunksize=1,                printsummary=TRUE,
             #-------------------------------
             # Part 2:
             #-------------------------------
             strategy = 2,               ndayswindow=7,
             hrs.del.start = 0,          hrs.del.end = 0,
             maxdur = 9,                 includedaycrit = 16,
             winhr = c(5,10),
             qlevels = c(c(1380/1440),c(1410/1440)),
             qwindow=c(0,24),
             ilevels = c(seq(0,400,by=50),8000),
             mvpathreshold =c(100,120),
             bout.metric = 4,
             closedbout=FALSE,
             #-------------------------------
             # Part 3:
             #-------------------------------
             # Key functions: Sleep detection
             timethreshold= c(5),        anglethreshold=5,
             ignorenonwear = TRUE,
             #-------------------------------
             # Part 4:
             #-------------------------------
             # Key functions: Integrating sleep log (if available) with sleep detection
             # storing day and person specific summaries of sleep
             excludefirstlast = TRUE,
             includenightcrit = 16,
             def.noc.sleep = c(),
             loglocation= "C:/mydata/sleeplog.csv",
             outliers.only = TRUE,
             criterror = 4,
             relyonsleeplog = FALSE,
             sleeplogidnum = TRUE,
             colid=1,
             coln1=2,
             do.visual = TRUE,
             nnights = 9,
             #-------------------------------
             # Part 5:
             # Key functions: Merging physical activity with sleep analyses
             #-------------------------------
             threshold.lig = c(30), threshold.mod = c(100),  threshold.vig = c(400),
             boutcriter = 0.8,      boutcriter.in = 0.9,     boutcriter.lig = 0.8,
             boutcriter.mvpa = 0.8, boutdur.in = c(1,10,30), boutdur.lig = c(1,10),
             boutdur.mvpa = c(1),   timewindow = c("WW"),
             #-----------------------------------
             # Report generation
             #-------------------------------
             # Key functions: Generating reports based on meta-data
             do.report=c(2,4,5),
             visualreport=TRUE,     dofirstpage = TRUE,
             viewingwindow=1)

1 Ответ

0 голосов
/ 25 января 2019

Комментируя эту часть loglocation= "C:/mydata/sleeplog.csv" работа для меня. 


             #-------------------------------
             # Part 4:
             #-------------------------------
             # Key functions: Integrating sleep log (if available) with sleep detection
             # storing day and person specific summaries of sleep
             excludefirstlast = TRUE,
             includenightcrit = 16,
             def.noc.sleep = c(),
             #loglocation= "C:/mydata/sleeplog.csv",
             outliers.only = TRUE,
             criterror = 4,
             relyonsleeplog = FALSE,
             sleeplogidnum = TRUE,
             colid=1,
             coln1=2,
             do.visual = TRUE,
             nnights = 9,

И это то же решение, которое показано в этом видео https://youtu.be/S8YPTrYNWdU?t=219

...